尼奥（Neo）不是救世主。
他将杀死矩阵里幸存的人类，毁灭人类的最后堡垒-锡安城。
怎么让人类甘愿做电池？
机器控制了世界后，将俘获的人类作为机器运转的电池能源。
不久机器发现此路不通。因为这种粗暴的方式让人类的大脑感受极大的痛苦，大量人类死亡。于是机器人想出了解决方法：通过电脑建立一个虚拟世界，称为矩阵（TheMatrix）。把它和人类的大脑连线，让人类以为自己生活在一个真实的世界中。这样人类的大脑就平静下来，而机器能够收获源源不断的能源。
但是，在设计虚拟世界上有出了问题。
机器的总设计师（Architect）设计的第一代矩阵是个完美的世界，美轮美奂，应有尽有。但是却完全失败了！原因是它没考虑到人类是不完美的。这种完美的世界只会让人类产生强烈的怀疑与猜忌。从而导致大量人类的苏醒，系统崩溃。
于是，总设计师开发了第二代矩阵。这次的设计完全依据人类历史的发展，准确反映人类丑陋的本性和多变的怪诞特点。
但是系统再次失败了（这个试验隐含了我们人类因为本性而最终必将走向毁灭）。
先知能被信任吗？
当《黑客帝国:重装上阵（TheMatrix：Reloaded）》开始时，是尼奥成为救世主的6个月后。
墨菲斯接到紧急命令：机器世界已派出大*攻打锡安城(Zion)。铁甲兵将在72小时到达。所有的战舰马上返回，保卫锡安。
已和崔妮蒂相爱的尼奥来到锡安城，看到生活在那里成千上万的人类在最后的狂欢、做爱，准备和机器决一死战。
尼奥收到先知（TheOracle）的召唤，他进入矩阵里和她见面。这时，他发现先知其实是矩阵的一部分。他问她：我怎么能信任你？
先知回答：这是你的选择。
先知告诉尼奥：他必须在矩阵里找到一个叫锁匠（Keymaker）的人。只有锁匠才能用他的一把钥匙，打开机器世界的最后一道门，见到总设计师。
随后，尼奥惊讶地见到了已被他消灭的特工史密斯，更惊讶的是有无数个的史密斯。原来当尼奥进入史密斯体内撕碎他的那一瞬间，史密斯得到了尼奥体内的一段程序。他从此不再是特工，变成了脱离矩阵的病*，可以无限制地复制自己。
尼奥意识到：他消灭了一个敌人的同时，创造了一个更强大的敌人。
先知到底是谁？
当总设计师在苦思冥想地设计第三代矩阵时，先知的一个建议彻底改变了他的思路。
先知其实不是个慈祥而锐利的老太太，而是矩阵中的一个程序，专门负责研究人类的情感。通过观察和研究，先知得出结论：矩阵其实需要的是一个不完美的设计，这样才能满足人类的真实需求。
她建议总设计师给予人类一个自由：选择权。
99%的人会选择生活在虚拟的矩阵内，而1%的人意识到这一切都是虚假后，可以脱离矩阵去锡安过真实的生活。
从此以后，矩阵得以稳定运行。所以从某种意义上来说：总设计师创造了矩阵系统，是矩阵之父；而先知用一个巧妙的方式维持系统运转，是矩阵之母。
但是，总设计师和先知都没有想到一个会出现的重大问题。
谁是法国人？
为了救锡安和人类，尼奥必须找到锁匠。
而锁匠被绰号叫法国人的墨洛温（Merovingian）关在一个看守极其严密的城堡里。
因为矩阵是个不完美的系统，所以会产生很多程序上的漏洞。这些漏洞被维持系统的特工抓住后删除入垃圾箱。就像杀*软件对待电脑病*。
管理这个巨大垃圾箱的是墨洛温。他假公济私，并没有完全消灭那些病*和程序，而是把它们（吸血*，双子兄弟，锁匠等等）匿藏在自己的城堡里，为其所用。
当尼奥、墨菲斯、崔妮蒂三人来向墨洛温讨用锁匠。墨洛温断然拒绝。但是，他的妻子为了报复他的不忠，带了尼奥来到了锁匠的所在。
墨洛温的手下随即赶到。尼奥独挑众恶徒。墨菲斯和崔妮蒂带着锁匠逃脱。路遇双子兄弟和特工追堵，一场精彩绝伦的高速公路打斗。
关键时刻，尼奥再次显示救世主的超能，空中飞身救了墨菲斯和锁匠。
尼奥从何而来？
总设计师和先知面临的重大问题是：因为矩阵系统的不完美，它在运行过程中会不断产生漏洞。当这些漏洞和差错累积到一定程度，就会产生一个能力超常的变异体，他被人类称为救世主。
总设计师和先知最后想出了对付救世主的方法：每当救世主出现时，就是系统重装和升级的时候。
他们一方面派机器大*进攻锡安，同时和救世主谈判，达成协议：毁灭锡安，消除一切不接受矩阵的因素。然后由救世主带着所有出错代码回到原程序，系统重装升级。最后救世主挑选23个人类，16女7男，重建锡安城。由此系统达到暂时的平衡，直到下一次的重载。
这就是先知要尼奥找到锁匠，最后见到总设计师的原因。
一个残酷的事实是：锡安其实也是总设计师和先知设计的另一个矩阵。它让选择真实世界的人们有一种虚假的自由和真实。但是实际的作用是：方便机器可以把所有觉醒人类集中关闭，到时一举消灭。
作为救世主的尼奥会做什么样的选择呢？
尼奥会怎么选择？
影片开始，尼奥一直做一个梦：崔妮蒂从高楼上缓缓坠落，一颗子弹打入她的心脏……
尼奥坚持让崔妮蒂不参加下一次行动。他和墨菲斯跟着锁匠，进入矩阵，进入机器世界的迷宫，去找总设计师。
当尼奥囚困在迷宫时，崔妮蒂不顾尼奥的嘱咐，进入矩阵。她帮助尼奥进入最后一个门，而自己却被特工夺命追杀。
当锁匠以生命开启门后，尼奥面对一个白胡子老头：矩阵的总设计师。
总设计师不带感情地告诉尼奥：所有的一切，矩阵，漏洞，锡安，先知，救世主，预言，锁匠，法国人，他妻子给与的帮助都是它设计好的。
尼奥吃惊地得知他已经是第六个救世主了。在他前面，所有的事情都已经发生了5次。锡安城也被毁灭了5次！
大楼外面，崔妮蒂心脏中弹，从大楼缓缓坠落……
你面前有两扇门。总设计师平静地告诉尼奥：右边的门通往矩阵的总源。你会按照设计好的程序，和我们一起重装系统，一切归零。然后重建锡安，重新开始。左面的门是去救生命垂危的崔尼蒂。结果是整个矩阵崩溃，人类从此毁灭。
做了和前五轮救世主完全不一样的选择，尼奥走向左门，走向毁灭。
